VI fase – XIV/XV secolo: Nel 1349 la famiglia “Vallari” abbellì la cappella posta alla destra del presbiterio facendola totalmente affrescare. Della decorazione rimangono oggi soltanto alcuni frammenti nella parete nord. Nel 1490 il canonico Maurizio Rodiani fece porre nel rosone una vetrata policroma e restaurare e dipingere parti interne del Duomo dal pittore Giovanni de Capugnano.

VII fase – XVI secolo: Prima del 1511 fu costruita, su progetto del cremonese Bernardino “de Lera” la cappella della Madonna della Ferrata, con bella decorazione fittile interna ed esterna dei cremonesi De Stauris. A partire dal 1561 furono demoliti: La cappella dei Malati che era «sopra la scala della Confessione»; «il luogo ove si cantava l’Evangelio che era sopra l’altra scala della Confessione»; il Coro «vecchio ove stavano i preti». Furono costruiti: Lo scalone e le scalette laterali allungando il presbiterio, chiudendo così l’apertura della cripta; l’organo e la balaustra della cantoria (non più esistenti), la volta «dalla parte della Confessione». Furono «repedonati i due leoni (del protiro centrale) che stavano per ruinare». Furono aggiunte cappelle supplementari e, nel 1569, fu ricostruita la torre campanaria nel lato sud, essendo quella antica pericolante. Nel 1573 «vennero levati dalle colonne degli altari e ne furono fatti di nuovi. Del 1577 è la cappella «sub vocabulo Vincula S. Petri», ora di S. Andrea Avellino, e del 1580 quella di S. Francesco. Poi ne fu realizzata un’altra dedicata a S. Gislemerio e nella navata sinistra la cappella del Crocifisso. Nel 1591 fu chiusa la porta laterale che accedeva al Duomo attraverso la cappella della B.V. del Carmine, sostituita da altra aperta nell’adiacente cappella «verso il seminario» e furono allargate le finestre «che si aprono nella sommità della navata maggiore».